먼저, 국방부본부를 지원하는 장성급 기무부대장을 대령급으로 조정하고, 소수의 필수기능을 제외한 나머지 조직은 전면 해체하여 합참 지원부대로 통합한다.

이와 함께 합참의 엄정한 군령권 행사, 전력증강, 북 핵·미사일 대응 능력 등을 강화하기 위하여 합참 지원 기무부대에 핵·WMD 대응센터와 방산 분야 전담반을 신설한다.

이번 조직개편은 국방개혁의 일환으로 추진하는 국방부 본부 문민화와 병행하여 과거 기무사의 비정상적인 관행과 불필요한 활동을 근절하고, 군사보안, 방첩수사, 첩보수집, 대테러 등 전문성을 더욱 강화하기 위해서 이루어졌다.

국방부는 앞으로, 기무사가 민주사회의 시대적 요구에 발맞추어 권위를 내려놓고 환골탈태하여 본연의 임무에 전념할 수 있도록 고강도 개혁을 지속해나갈 방침이다.